........
El problema lo tendrías en la lista de animaciones si quieres que funcione en tu Quake2... Normalmente se usa un fichero .qc que es el que le dice las animaciones que tendrá, en Blender no se como va...
Las especificaciones las tienes aquí:
http://wiki.blender.org/index.php/MD2
Por lo demás si, aunque te recomienzo no exportes el modelo con muchos polígonos (los modelos de Quake2 tenían 600-800).
............
No hay ningún problema. En 3dpoder dejé los "10 mandamientos" para exportar adecuadamente a md2 con Blender (después de los típicos 40 intentos hasta saber qué hacía mal).
http://www.3dpoder.com/foro3dpoder/showpost.php?p=364719&postcount=55
..............
Pues de momento olvídate de que quieres hacer un md2 y ponte con el modelado, texturizado y animación básica. Una vez tengas eso, el md2 sólo es el formato en el que guardar lo que hagas. Lo importante es que lo que hagas esté bien hecho.
Para cualquier duda, pregunta.
.............
el exportado md2 de blender a mí me parece suficiente para el típico engine indie.