El problema es que cuando los juegos empiezan a crecer, es un lio tener todo el codigo en orden. Ese es el principal problema,

pero eso es lo que te va a solucionar un buen diseño en orientacion a objeto entonces. No es problema puntual de SDL o de algo asi sino que es de diseño de sistemas.

Hola mira te recomiendo que programes en C y si tu problema es el orden de las cosas usa C++, la orientacion a objetos te va a solucionar muchas cosas, y trata de trabajar orientado a objetos siguiendo los patrones de dicho paradigma y con muchos archivos ordenados por clases.
SDL es facil de aprender te doy un tutorial con el que explica como comenzar la programacion a video juegos con SDL (no hace falta que conoscas con profundidad SDL).

http://www.agserrano.com/libros/sdl/%5Bebook%5DProgramacion%20de%20videojuegos%20con%20SDL.pdf