Yo personalmente, cada vez qe hago un nuevo proyecto soy más ordenado. Pero a veces algo que no tenia pensado incluir, lo meto como puedo(lio mental y mucho tiempo) o borro mucho código antiguo y lo programo desde 0(que al final resulta que es más rápido y ordenado). De todas formas hace tiempo vi una página bastante interesante y que tengo pendiente de mirarmelo mejor que habla sobre patrones de programación de cara a hacer un mejor código y está escrito por un tio que trabajó en Electronics Arts(No se si curra aun, ni lo he buscado). La web en cuestion :
www.gameprogrammingpatterns.com
www.gameprogrammingpatterns.com